Zusammen mit den anliegenden Gebäuden des ehemaligen Krankenhauses bildete die Kirche einen Klosterkomplex, das von dem Spital-Orden, „Duchacy” (Mönche des Geistes) genannt, geführt wurde. Der ursprüngliche hölzerne Klosterkomplex, von dem Krakauer Burggrafen Żegota im Jahre 1303 gestiftet, ist während des Litauer-Angriffs 1349 verbrannt. Ende des 14. Jahrhunderts wurde er wieder aufgebaut. Die gotische Kirche gehörte ehemalig zu der Gruppe der pseudozweischiffen Kirchen. Das Schiff war mit dreiteiligen Sterngewölben bedeckt, die sich auf einem zentralen Gewölbepfeiler stützten. Das jetzig bestehende Gewölbe stammt aus dem 18. Jahrhundert. In der Herrn Jesu - Kapelle befindet sich die Skulptur des „besorgten Christi” aus dem 15. Jahrhundert, die der Tradition nach, aus der Schlosskapelle kommt.